1236-ban a Hampton Court Palace helyén még csupán a jeruzsálemi Szt. János máltai lovagok majorsága állt. A lovagok később a környező birtokokat bérbe adták. Az első ismert bérlője e területnek 1494-ből Giles Daubeney, VII. Henrik lordkancellárja volt, akinek szüksége volt egy London-közeli házra. A király és felesége gyakran meglátogatták őt csendes rezidenciáján.

1514 igen fontos dátum volt Hampton Court életében. Ekkor szerezte meg a máltai lovagoktól 99 éves bérletre a területet Thomas Wolsey, York-i érsek, későbbi bíboros, aki ekkoriban VIII. Henrik közeli jó barátja volt. Wolsey az épületből ragyogó püspöki palotát varázsolt. Volt itt impozáns kétszintes kápolna, 40 vendég 2-2 szobás elhelyezésére alkalmas szárny, óriási külső udvar (Base Court), és természetesen gondoskodott királyának és családjának, Aragóniai Katalinnak és Mária lányának méltó elhelyezéséről is.

Wolsey és a király kapcsolata később megromlott, mivel a bíboros nem volt hajlandó a pápánál közbenjárni VIII. Henrik Aragóniai Katalinnal kötött házasságának érvénytelenítése érdekében. A „küzdelemből” a király jutott ki győztesen: elvált, elvehette feleségül Boleyn Annát, Worsey pedig örökre kegyvesztett lett, elveszítette Hampton Court-ot is.

Jelmezes önkéntesek Tudor-korabeli öltözékben Ennek ellenére 1540-re a palota Európa egyik legpompásabb királyi palotája lett, ahol tenisz és bowling pályák, vadászpark, több mint 3000 négyzetméteres konyha, kápolna, gyönyörű ebédlő (Great Hall) és rengeteg kényelmes vendégszoba állt rendelkezésre. A palotában folyóvíz volt, melyet a három mérföldnyire fekvő, kingston-i Coombe hegyről vezették ide csővezetéken. A feljegyzések szerint 1546. augusztusában VIII. Henrik udvartartásának 1300 tagját, valamint a francia nagykövetet és kétszáz fős kíséretét vendégelte itt meg hat napon keresztül. Henrik valamennyi felesége végzett a palotán átalakítást, amelyet így VIII. Henrik idejében legalább féltucatszor átépítettek...

Henrik utódjaira pompás palotákat és házakat hagyott szerte Angliában, így azoknak csupán élvezniük kellett e gazdagságot. Edward fiát a Hampton Court Palotában keresztelték meg 1537-ben, Mária 1554-ben itt töltötte mézesheteit, I. Erzsébet (1558-1603) pedig többnyire itt fogadta a külföldi delegációkat.

I. Jakab (1603-1625) idejében a palota funkciója némileg megváltozott, mivel Jakab inkább az élvezetek – bálok, lakomák – helyszínéül használta. 1603-1604 karácsonyán és szilveszterén a palota nagy termében játszott William Shakespeare társulata, a „King's Men” I. Jakab örömére.

The Pond Gardens egyike Jakab fia, I. Károly (1625-1649) uralkodása idején új teniszpálya épült, a kert szökőkútjainak működtetéséhez 11 mérföldről idevezettette a vizet, de bővítette a királyi festmény-gyűjteményt is. 1630-ban került a palotába az elszegényedett Gonzaga családtól megvásárolt és még ma is a palotában látható Mantegna kép, melynek címe Caesar győzelmei. A polgárháború idején, 1647-ben a király ebben a palotában börtönözték be három hónapra.

A köztársaság és a protektorátus évei (1649-1660) alatt, a puritanizmus jegyében szerte Angliában pusztultak az értékek. Hampton Court és több kincse (így az előbb említett Mantegna kép) azonban megmenekült, mivel Oliver Cromwell saját használatára és élvezetére használta a palotát. Szívesen töltötte itt a hétvégéket, dolgozott, vadászott, zenét hallgatott. Lánya, Mária esküvőjét is itt, a királyi kápolnában (Chapel Royal) tartották.

A restauráció idején trónra kerülő II. Károly (1660-1685) ugyan jobban kedvelte a Windsor-i palotát, de szeretőinek egyike, Barbara Villiers, Castlemaine grófnője és törvénytelen gyermekük itt élt.

Hampton Court következő fénykorát III. Vilmos (1689-1702) és II. Mária (1689- 1694) uralkodása alatt élte. Ahogy a Kensingtoni Palota esetében, itt is Sir Christopher Wren-t bízta meg a királyi pár, hogy átépítse a palotát. Wren legszívesebben lerombolta volna az egész Tudor-kori palotát, de szerencsére sem elég pénz, sem elég idő nem volt grandiózus tervei megvalósítására. Az átépítés munkái 1689. májusában kezdődtek. Mivel a király gyors eredményekre vágyott, a túlzottan is siettetett munka és a rossz minőségű habarcs miatt a déli szárny nagy része összeomlott két munkás halálát okozva és tizenegyet megsebesítve. A következő években mintegy 113.000 fontot költöttek az építkezésre. Amikor II. Mária 1694-ben meghalt, a munkák félbeszakadtak. Új lendületet csupán akkor kapott az építkezés, amikor 1698-ban leégett a londoni Whitehall-palota. A Hampton Court-i királyi lakosztály munkáinak befejezésére ugyanakkor már nem Wren, hanem az árban aláígérő, William Talman kapott megbízást.

III. Vilmos és II. Mária által épített barokk palota Wren és Talman teljesen átalakították Hampton Court keleti és déli oldalát, a Tudor tornyokat és kéményeket nagystílű és elegáns barokk külső váltotta fel. Grinling Gibbons elegáns kandallóit, Antonio Verrio mennyezeti képeit ma is megcsodálhatjuk. A kertet szintén felásták, átszerkesztették.

A sors iróniája, hogy III. Vilmos, aki a palota jelenlegi arculatának kialakításáért a legtöbbet tette, már nem élvezhette a palotát. 1702-ben itt, Hampton Courtban lovasbaleset érte, melynek szövődményébe néhány nap múlva, a Kensingtoni Palotában meghalt.

Anna királynő (1702-1714) ugyan jobban kedvelte Hampton Court-nál Windsort és Kensingtont, de - kora és egyre romló egészsége ellenére - gyakran vadászott itt. A félbe hagyott királynői lakosztályok befejezését sürgette, melyet hitvesének, György hercegnek szánt, de amikor György 1708-ban meghalt a munkák ismét félbeszakadtak. Ennek ellenére ekkor készült el a királynői fogadószoba (Queen's Drawing Room) tengeri jelenetet ábrázoló festménye, ahol a félmeztelen hitves alakja is feltűnik...

Anna királynő halála a Stuart dinasztia végét is jelentette. A Hanoveri dinasztiából származó I. György (1714-1727) szégyenlős ember volt, nem szerette a ceremóniákat. Nem beszélt angolul és ideje nagy részét Hanoverben igyekezett tölteni, feleségét pedig sosem hozta el Angliába. Fia, a walesi herceg és felesége (a későbbi II. György és Caroline királyné) azonban nagyon is kedvelte Hampton Court-ot. Sir John Vanbrugh-ot bízták meg a királynői lakosztály (Queen's Apartments) befejezésével. Vanbrugh e munka során beteljesítette a néha Vilmos, Mária és Sir Christopher Wren minden álmát. A bútorokat John Gumley és James Moore készítették, és új királyi ágy került a Sir James Thornhill festette mennyezet alá. A herceg közkedveltsége és a király gyakori távollétei először rivalizáláshoz, majd nyílt szakításhoz vezetett apa és fia között. A herceget 1717-ben egy veszekedést követően kitiltották a királyi palotából. I.György ezt követően ugyan próbálta rendezni viszonyát a trónörökössel, és ennek érdekében 1718-ban rövid ideig teljes udvartartást is vezetett Hampton Court-ban bálokkal, fogadásokkal, de végül kapcsolatuk végérvényesen megromlott. A király végleg elvesztette érdeklődését a palota iránt. A hivatalos királyi rezidencia a londoni St. James Palace, míg a magánrezidencia a Windsori Kastély lett. Hampton Court-ot alig használták I. György haláláig.

Lépcsőház az emeleti State Apartments-hez A walesi herceg és felesége királyi párként tért vissza Hampton Court-ba. II. György uralkodása alatt ismét teljes pompájában ragyogott a királyi és királynői lakosztály (King's and Queen's Apartments). Elkészült a William Kent által tervezett királynői lépcsőház is. Caroline királyné a Mantegna festménnyel takarta el a királynői fogadószoba pikáns képeit. 1732-ben elkészült másodszülött fiuknak, Cumberland hercegének lakosztálya, amelyet szintén William Kent készített 3.454 fontos költségvetéssel, és amely ma a Cumberland Suite nevet viseli.

II. György halála után már sosem lakott királyi család a palotában. III. György (1760-1820) uralkodása alatt a palotát kisebb-nagyobb részekre darabolták és ún. „hála-és-szívesség” lakások labirintusa került itt kialakításra. Ez azt jelentette, hogy a királynak nagy szolgálatot tevő emberek és háznépük költözhetett be egy-egy lakosztályba. Ezek átlagos nagysága 12-13 helyiség volt, de a legkisebb csupán 4 szobából, a legnagyobb pedig csaknem 40 helyiségből állt. A következő két évszázadban a legkülönbféle lakói voltak a palotának. Pl. Lady Baden-Powell, a cserkész mozgalom megalapítójának özvegye a VIII. Henrik konyhájából kialakított lakásban élt. De itt lakott a híres fizikus, Prof. Michael Faraday (1791-1867) is.

1838-ban a fiatal Viktória királynő (1837-1901) megnyitotta a palotát az érdeklődő nagyközönség előtt. Eddig csupán a társadalmi ranglétrán magasabb helyet elfoglalók tehettek egy gyors látogatást, némi – a háziúrnak fizetett – díj ellenében a palotában. Ezt követően azonban az alsóbb néposztályok előtt is nyitva állt a palota kapuja. Ennek ugyanakkor az is következménye lett, hogy több helyen letépték a tapétákat, sőt festmények, bútorok tűntek el... Szerencsére 1838 és 1851, majd 1875 és 1900 között sor került a palota restaurálására, Tudor-kori állapotának visszaállítására is. Kezdetben ugyan nem sok figyelmet fordítottak arra, hogy mindez történelemhű legyen, de a második felújításnál már erre is gondoltak.

A palota történetének utolsó évtizedei ismét a restaurálásáról szólnak. 1986-ban a királyi lakosztály jelentős része tűzvész áldozata lett. Az újjáépítés évekig tartott, 1995-ben fejeződött be. Ennek legszembetűnőbb eredménye a III. Vilmos lakosztályának eredeti fényében történő bemutatása.