Az Arsenal Futball Klub története akkor kezdődött, amikor a Woolwich Arsenal Lőszergyár dolgozóinak egy csoportja úgy döntött, hogy futballcsapatot alakít 1886-ban. A klub a Dial Square név alatt játszott. Az első mérkőzésük egy 6-0-s győzelem volt az Eastern Wanderers ellen, 1886. december 11-én. Nemsokkal később Royal Arsenalra változtatták elnevezésüket és a csapat folytatta barátságos mérkőzéseit és a helyi kupaversenyeken szerepelt az elkövetkező néhány évben.

1891-ben a klub professzionális szintre fejlődött és megváltoztatta ismét a nevét, most Woolwich Arsenalra, végül 1893-ban csatlakozott a futball ligához. 1904-ben jutottak fel a Football League First Divisionbe. A földrajzi elszigeteltség a nézőszám csökkenését eredményezte, ami pénzügyi problémákhoz vezetett, és a teljes csőd 1910-ben következett be, amikor Henry Norris vette át a csapatot. Norris megkísérelte a klub elmozgatását máshová, és 1913-ban, a Second Divisionbe való visszaesés után, az Arsenal elköltözött az Arsenal Stadiumba Highburyben, Észak-Londonban; a "Woolwich" nevet a következő évben pedig elvetették. Az Arsenal csak 5. helyen végzett 1919-ben, de ennek ellenére csatlakoztak a First Divisionhöz a helyi rivális Tottenham Hotspur költségei következtében, állítólag jogtalan pénzforrások miatt. Az első világháborút követően törtek fel az első osztályba, ahol a mai napig szerepelnek. Mára az egyik meghatározó csapata éppúgy Európának, mint Angliának.

1925-ben, az Arsenal kijelölte Herbert Chapmant menedzsernek. Chapman kétszer nyert bajnoki címet a Huddersfield Townnal: 1924-ben és 1925-ben. Forradalmi taktikái és edzésmódszerei, az olyan sztárigazolásaival együtt, mint Alex James és Cliff Bastin, megszervezték az alapjait a klub uralkodásának az 1930-as évek angol labdarúgásában. A vezetése alatt az Arsenal megnyerte első fontosabb trófeáit – egy FA Kupát 1930-ban és két League Championshipet, 1931-ben és 1933-ban. Ezen felül Chapman állítólag benne volt az 1932-es London Underground állomás átnevezésben, amikor a "Gillespie Road"-ot "Arsenal tube station"-re nevezték, amivel ez az egyetlen Tube állomás, amit kifejezetten egy labdarúgócsapat után neveztek el.

Chapman hirtelen halt meg tüdőgyulladásban 1934 elején, de Joe Shaw és George Allison megbecsülték eredményes munkáját. Irányításuk alatt az Arsenal nyert még három bajnoki címet (1934-ben, 1935-ben és 1938-ban) és egy FA Kupát (1936-ban). Azonban az Arsenal az évtized végére kezdett elenyészni, mikor közbelépett a 2. világháború, ami a professzionális angol labdarúgás versenyképességének végét jelentette.

A második világháború megállította az Ágyúsokat a menetelésben, de Tom Whittaker lett az új menedzser és újabb sikerek következtek. Az Arsenal bajnok lett az 1947/1948 és az 1952/1953-as szezonban, FA Kupát nyert 1950-ben és második lett 1952-ben. A 60-as évek kevesebb sikert hoztak a trófeák szerzése terén, két elvesztett találkozót említhetünk meg a Liga Kupa döntőjében 1968 és 1969-ben. Bertie Mee a 60-as évek közepén vette át a csapatot és az Arsenal 1969/1970-es szezonra ért be, amikor is megnyerte az első európai trófeát legyőzve az Anderlechtet 4-3-ra a két fordulós Fairs Cup döntőjében.

A folytatás még ennél is jobb volt. Az Arsenal csapata olyan játékosokat tudhatott soraiban, mint Charlie George, George Armstrong, Ray Kennedy és a kapitány McLintock. Az 1970/71-es szezonban Bertie Mee tanítványai dupláztak, azaz megnyerték a bajnokságot és az FA Kupát ugyanabban az évben. A bajnoki címet az ősi rivális Tottenham otthonában, a White Hart Lane-en gyűjtötték be egy 1-0-s győzelemmel az utolsó fordulóban, a Wembley-ben a kupa döntőjében pedig a ráadásban fordítva 2-1-re győzték le a Liverpool együttesét. A csapat három egymás utáni évben képviseltette magát a Wembley stadionban az FA Kupa döntő keretében Terry Neill irányításával. A másodikat meg is nyerték 3-2-es győzelemmel a Manchester United felett.. A mérkőzést „ötperces döntőként” emlegették. Az Ágyúsok 1980-ban eljutottak a Kupagyőztesek Európa Kupája döntőjébe, azzal a csapattal, mely a következő játékosokat tudhatta sorai közt: Graham Rix, Frank Stapleton, Pat Rice, David O'Leary és Liam Brady, de elvesztették a büntetőpárbajt a Valencia-val szemben.

1986-ban George Graham, tagja az 1971-es duplázó csapatnak, átvette a menedzserséget Don Howe-tól és dicsőséges napok következtek. Az Arsenal megszerezte első Ligakupa győzelmét 1986/87-ben, legyőzve a Liverpoolt 2-1-re a döntőben. Két évvel később megnyerték a League Championship-et Michael Thomas híres utolsó percben lőtt góljával, amely a szükséges 2-0-s győzelmet jelentette az Anfielden a Liverpool ellen a szezon legutolsó bajnoki meccsén. Egy újabb bajnoki cím következett 1990/91-ben, amikor a csapat magáénak tudhatta a legjobb védekező alakzatot, így csak egy bajnoki mérkőzést vesztettek el az egész szezon folyamán.

Graham Arsenalja nyert egy bajnoki címet 1991-ben, amikor csak egy meccset vesztettek, megnyerték az FA Kupát és a Ligakupát 1993-ban és egy európai trófeát, a Kupagyőztesek Európa Kupáját 1994-ben. Mindazonáltal Graham hírneve bemocskolódott, mikor kiderült, hogy jutalékokat szerzett ügynökétől Rune Hauge-tól egyes játékosok leigazolásával. Ez idő alatt George Graham elhagyta a klubot. Bruce Rioch vette át a helyét, aki azonban csak egy szezont töltött a csapatnál, de ez idő alatt leigazolta Dennis Bergkamp-ot.

997/98 volt Arsène Wenger első teljes szezonja a Highburyben, amikor is az Arsenal történelme során másodszor duplázott és hódította el a bajnoki cím mellett az FA Kupát és a mester pedig megkapta a Carling Év Menedzsere címét. Dennis Bergkamp is nevezve volt a Football Írok Szövetségének (FWA) Év Játékosa és a PFA Év Játékosa kitüntetésre. A hihetetlen szezon beteljesülése volt a francia válogatott Emmanuel Petit és Patrick Vieira számára a franciák Világbajnoki győzelme Franciaországban.

Az ezt követő három évben a második helyezés elérése következett, 2000-ben pedig az Arsenal az UEFA-kupa-döntőjébe jutott, ahol is büntetőkkel elvesztették a mérkőzést. 2001-ben már a Bajnokok Ligája negyeddöntőjéig meneteltek az Ágyúsok, ahol vereséget szenvedtek a Valencia együttesétől. 2001/02-es szezonban fordult a szerencséjük és a klub története során harmadszor duplázott a Chelsea legyőzésével az FA Kupa döntőben és a bajnokság meghódításával. 13 mérkőzéses veretlenségi sorozat és az emlékezetes 1-0-s Old Traffordon aratott győzelemnek köszönhetően. Az Arsenal veretlen maradt hazai pályáján a teljes évadban. Ez is közrejátszott abban, hogy Arsene Wenger nevezve lett Barclaycard Év Menedzsere címre, miközben Robert Pirèst az FWA Év Játékosának választották.

A következő évben az Arsenal nem tudta megvédeni címét, azonban az Ágyúsok lettek - 20 év után az első angol klub - akik két egymást követő évben elhódították az FA Kupát az 1-0-s Southampton felett aratott győzelemmel Cardiffban. Thierry Henry jelölve lett a szezon játékosának a PFA és a FWA által egyaránt, és csatlakozott Dennis Bergkamphoz a halhatatlanok közt az év góljával. A 2003/2004-es szezonban az Arsenal visszahódította a bajnoki címet egy csodálatos veretlenségi sorozat keretében, amikor is a klub az év során egyetlen vereséget sem szenvedett el. 11 ponttal végeztek az élen a második helyezett Chelsea előtt. A 13. bajnoki cím elnyerése során számtalan rekordot döntött meg a csapat. A spanyolok legfiatalabb tehetsége januárban érkezett- Cesc Fabregas- és az év végére megdöntötte a legfiatalabb Arsenal színekben pályára lépő játékosok rekordját, 16 év és 177 napjával.

Az FA Kupa elődöntőben elszenvedett vereség a Manchester United ellen, illetve a Bajnokok Ligája negyeddöntő veresége a Chelsea ellen véget vetett a reménykedésnek, hogy sikerülhet egy felejthetetlen triplázás. A bajnokságban a veretlenségi sorozat a következő évben tovább folytatódott és 2004 augusztusában megdöntötték a Nottingham Forest leghosszabb ideig tartó veretlenségi sorozatát az angol futball bajnokságban. Az Ágyúsok 5 trófeát hódítottak el 4 év alatt megnyerve az FA Kupát büntetőpárbajjal a Manchester United-dal szemben.

A 2005/2006-os bajnokság volt a klub utolsó évada a Highbury-ben és végső tisztelgéssel búcsút intettek a klubnak 93 éven át otthont biztosító stadionnak. A negyedik helyezést és a Bajnokok Ligájában való szereplés jogát az utolsó játéknapon biztosította be a csapat 4-2-es Wigan fellett aratott győzelemmel (valamint a Tottenham West Ham United-tól elszenvedett vereségével). Az Arsenal Highburyben elért eredményei: 2010 lejátszott mérkőzés során 1196 győzelem született, 475 döntetlen és mindössze 339 vereség. 4038 gólt lőttek az Ágyúsok és 1955-öt kaptak.

A csúcspontja a szezonnak a klub csodálatos menetelése volt a 2005/2006-os Bajnokok Ligája sorozatban, ahol is bejutott a csapat a párizsi döntőbe. A 12 mérkőzésen át tartó veretlenségi sorozat a bizonyítéka, hogy az Arsenal kiérdemelte helyét a döntőben a Barcelona ellen május 16.-án a Stade de France stadionban. Annak ellenére, hogy Jens Lehmannt a 18. percben kiállították, az Arsenal szerezte meg a vezető találatot Sol Campbell fejesének köszönhetően. A második félidőben a spanyolok két késői góllal azonban összetörték a Párizsba utazó szurkolók szívét.

Miközben az Arsenal készült az Emirates Stadiumba költözésre az Ágyúsok kapitánya és egyben legtöbb gólt szerző játékosa Thierry Henry elkötelezte magát az Arsenal mellett, mielőtt csatlakozott volna a világbajnoki döntőig menetelő francia válogatotthoz Németországban. 2006. július 6-án a klub elhagyta a Highbury-t, mely 93 éven keresztül a csapat otthonaként szolgált, és új otthonukba költöztek. Dennis Bergkamp, a legendás csatár Ajax elleni búcsúmérkőzése volt az első lejátszott mérkőzés az Emirates Stadionban.

A 2006/2007-es szezon volt az utolsó az Arsenal élő legendájának Thierry Henry-nak! "Titi" szinte mindent elért amit labdarúgó megnyerhetett (Premier League bajnoki cím '02,04; FA-kupa győztese '02 '03 '05; Ligakupa győztese '02 '04; gólkirály: 2001-02, 2003-04, 2004-05, 2005-06) kivéve a BL cím amit 2006-ban a Barcelona vett el tőlük! Henry a 2007-es átigazolási szezonban hagyta el hőn szeretett klubját az Arsenalt, a gránátvörös-kékek kedvéért. Ezek okát a BL megnyerésével indokolta. Mint az "Ágyúsoknál" itt is a 14-es mezszámot kapta.

Eközben a megújult Arsenal várva várta az új 2007-2008-as szezon-nyitányt. A klub meglepően feledve játékos-veszteségeit a Fulham-et 2-1-re legyőzve mutatkozott be a Premier League első napján! A csapat nagyszerűen menetelt végig szinte ebben az idényben, de mint a legtöbb csapatnál itt is bekövetkeztek az állandó sérülések, a lendület visszaesése és persze a fáradtság is. Az F.A-kupában a Manchester United, a Liga-kupában a Tottenham, a Bajnokok Ligájából pedig a Liverpool búcsúztatta őket. A bajnokság dobogóján pedig a bronzérmet csípték el Wenger fiai. Mindezek ellenére remek szezont tudhattak maguk mögött.