A repülőtér építésére vonatkozó tervet először 1981-ben készített Reg Ward, az újonnan megalakult London Docklands Development Corporation (London Docklands Fejlesztési Társaság) ügyvezetője. Cége a terület megújításáért volt felelős. A tervet megbeszélte Sir Philip Beck, a John Mowlem & Co társaság vezetőjével, és a Docklands repterének ötlete ezzel megszületett. Ugyanezen év novemberére a Mowlem és Brymon Airways vállalatok beadták a pályázatukat a LDDC társasághoz egy STOL típusú repülőtér megépítésére vonatkozóan a városközpont határán.

1982.06.27-én Harry Gee, a Brymon légitársaság pilótája leszáll a de Haviland Canada Dash 7-es típusú gépével Heron Quay területén, a West India dokk közelében, hogy demonstrálja a STOL projekt megvalósíthatóságát. Később az év során az LDDC készített egy tanulmányt a kivitelezhetőségről, amely tartalmazott egy - a helyi lakosokkal készített - közvéleménykutatást is, ez pedig széles körű támogatást tükrözött, ennek alapján a Mowlem vállalat beadhatta az építési engedély iránti kérelmet.

1983.06.06-én egy 63 napos véleményfelmérés indult (az ilyen felmérés során a lakosok írásban tiltakozhatnak a tervezett beruházás ellen). A következő év közepére Nicholas Ridley közlekedési miniszter jelezte hajlandóságát az építési engedély aláírására, azonban további adatokra volt szüksége. 1985-ben, miután Nagy-London Tanácsa elvesztette a bírósági pert a terv ellen, az engedélyezési biztosítékot megadták, majd 1986 elején pedig az építési engedély is megszületett. 1986.05.29-én Károly walesi herceg elhelyezte a terminál alapkövét, és ezt követően a munkálatok elkezdődtek. 1987.05.31-én az első repülőgép landolt a reptéren, majd október 26-ától beindult a kereskedelmi járatok forgalma. 1987 novemberében a királynő hivatalosan megnyitotta a London City repülőteret.

Egy repülőtér beiktatása a nagy forgalmú légtérbe nehéz feladatnak bizonyult a Nemzeti Légiforgalmi Szolgálat számára (NATS). Ezzel együtt egy új légtér-felügyeleti állomást (Thames Radar) alakítottak ki, amely radar alapú irányítást biztosít és biztonságosan elkülöníti a le- és felszálló gépeket a repülőtéren.

Bővítés
1988-ban, az első teljes üzemév végére a repülőtér 133.000 utast szolgált ki. A kezdeti menetrend szerinti járatok Plymouth, Párizs, Amszterdam és Rotterdam reptereire szállították innen az utasokat. A mindössze egyetlen 1080 m hosszú kifutóját, és 7,5 fokos siklópályáját (a zaj mérséklése miatt) figyelembe véve a repülőteret csak nagyon korlátozott számú, illetve típusú repülőgép tudja használni, elsősorban a Dash 7-es és a kisebb Dornier Do 228-as. 1989-ben a repülőtér benyújtotta a kifutópálya meghosszabbítására vonatkozó tervezetét, amival az volt a cél, hogy több fajta repülő használhassa azt.

1990-ben a repülőteret 230.000 utas használta, azonban az adatok drasztikusan csökkentek az öbölháború után és nem is javultak egészen 1993-ig, amikor 245.000 utas fordult meg a terminálban. Ekkorra a kibővített kifutópálya elkészült (1992.03.05) és a siklópálya lejtőszögét 5,5 fokra csökkentették, ami kissé meredek egy európai repülőtérhez képest, de elégséges ahhoz, hogy nagyobb hatótávolságú repülőgépek is használhassák, például a Bae 146 típusú regionális gépek.

1995-re az utasszám elérte az évi fél milliót és a Mowlem vállalat eladta a repülőteret Dermot Desmond ír milliárdos üzletembernek. Öt évvel később az utasszám elérte az 1.580.000-et és az indított járatok száma pedig a 30.000-et egy év alatt. 2002-ben megnyílt a „jet” központ, ami az exkluzív üzleti utasforgalmat hivatott kiszolgálni, vagyis azokat, akik magánrepülővel érkeznek és távoznak. Ezen kívül további repülő-állásokat alakítottak ki a forgalmi előtér nyugati végénél. 2003-ban egy új váró-állást létesítettek a kifutópálya keleti végén, így a felszálló repülőgépek itt vesztegelhettek addig, amíg az érkező landol.

2006-ra több, mint 2,3 millió utas fordult meg a repülőtéren. 2005.12.05-én megnyílt a London City Airport DLR állomás az DLR új vonalán, ezzel első alkalommal kapott a reptér vasúti összeköttetést, illetve gyors vasúti kapcsolatot Canary Wharf üzleti negyeddel és a City of Londonnal. 2006.11.30-án a tulajdoni jogokat megvásárolta az AIG biztosító és a Global Infrastructure Partners cégekből álló konzorcium.

A repülőtér építési engedélyt kapott 2001-ben a forgalmi előtér kibővítésére, melyen négy új repülő-állást alakítottak ki négy új beszállókapuval. 2008.05.30-án nyílt meg a kibővített rész, amely cölöpökre épült a King George V. Dock vizén. Nathaniel Lichfield and Partners vállalkozás volt a reptér tanácsadó partnere mind a tervezési, mind pedig a gazdasági döntéseknél egészen az 1986-os eredeti építés óta. A tanácsadócég javaslatára bővítették a repülőteret sugárhajtású gépek fogadásához 1991-ben, valamint ugyancsak a javaslat hatására sikerült megduplázni a gépmozgási számukat 1996-ban és 2001-ben. Minden egyes fejlesztésre sikeresen megkapták az építési engedélyt.

Ez a közreműködés kiterjedt a gazdasági hatástanulmány készítésére, továbbá közvetlen és közvetett munkahely-teremtésre vonatkozó kimutatások kidolgozására a repülőtér növekedése során, munkaerőpiaci hatások elemzésére, ezen kívül pedig további olyan tanulmányok készítésére, mint a befektető-vonzó hatások, a repülőtér szerepe London üzleti negyedének a kiszolgálásában, a túrizmusban való közreműködés, valamint a Kelet-London és a Temze „bejárati” övezetének széles körű regenerációja. A tanácsadó vállalkozás tervezési és gazdasági haszonra vonatkozó bizonyítékokat mutatott fel a közvélemény-kutatások során, ami életbevágó fontosságú volt az építési engedély megítélésekor.