A Stansted-et a kormány azokra az esetekre jelölte ki, ha esetleges gépeltérítők az Egyesült Királyság területén szeretnének leszállni, itt tehetik meg. A döntés annak köszönhető, hogy a jellegzetes kialakítás révén az eltérített repülő elkülöníthető mind a terminál épületétől, mind pedig a kifutópályától, így a forgalmat nem kell leállítani, amíg a gépeltérítőkkel folytatott egyezkedés zajlik, vagy amíg egy esetleges rohamot, illetve mentőakciót kiviteleznek. A repülőtér alkalmazottjai speciális kiképzést kapnak a gépeltérítéses ügyek kezelésére. A fentiek miatt a Stanstednek sokkal több gépeltérítéses ügye volt már eddig, mint amit egy méretében hasonló repülőtértől várnának.

    1998.03.31-én egy bérelt Hawker Siddeley HS 748 típusú gép (az Emerald Airways tulajdona) a Leeds United football csapatot szállította, amikor felszállás közben az egyik hajtóművében robbanás történt, ennek következtében kényszerleszállást kellett végrehajtania. A fedélzeten tartózkodó utasok mindannyian túlélték az esetet, mindössze páran szereztek könyebb sérüléseket.
    1999.12.22én a Korean Air Cargo légi-teherfuvarozó vállalat 8509-es számú Boeing 747 típusú gépe felszállás után nem sokkal lezuhant a pilóta hibája miatt. A fedélzeten tartózkodó négy tagú személyzet életét vesztette. A baleset a Hatfield erdő felett történt, Great Hallingbury község mellett.
    2000.02.06-án az Ariana Afghan Airlines társaság Boeing 727 típusú gépét 156 emberrel a fedélzetén eltérítették és a Stanstedre repült. Végül egy négy napos - holtpontra került -egyeztetést követően a túszokat szabadon engedték, az incidens pedig békésen végetért. Utóbb kiderült, hogy a gépeltérítők indítéka a menedékjog megszerzése volt az Egyesült Királyság területére, vitát robbantva ezzel ki az ország bevándorlás helyzete körül. Az utasok közül sokan ugyancsak menedékjogot kértek. 2004 júliusában nyilvánosságra került, hogy a gépeltérítők menedékjog elnyerésére tett erőfeszítései eredményesek voltak, míg az ellenük felhozott gépeltérítési vádakat semmissé nyilvánították a bíróság pontatlan tájékoztatása miatt 2003-ban.
    2002.02.27-én a Ryanair Dublin és London között közlekedő, 296 számú, Boeing 737-800 típusú gépét landolást követően evakuálni kellett, mert a földi személyzet füstöt észlelt az egyik hajtóműben. Az elrendelt vizsgálat azt derítette ki, hogy feltehetően füstölgő olaj okozhatta az incidenst, amely törött csapágyak közül folyt ki, lévén, hogy nem találtak tűz jelenlétére utaló károsodást. Noha a repülőgépet 90 másodpercen belül sikerült kiüríteni, a személyzetnek gondot okozott a vészkijáratok kinyitása, ezért a Légi Baleseteket Kivizsgáló Csoport változtatásokat javasolt az utaskísérő személyzet tréningjében, hogy a későbbi hasonló szituációkat jobban kezelhessék.